În anul 1639, prădându-se biserica, au dispărut şi moaştele Sfântului Leontie din Rădăuţi. Unii cred că au fost luate de năvălitori. Alţii spun că au fost îngropate de călugări în biserică, în anul 1783, odată cu desfiinţarea mănăstirii. Însă, locul unde se afla astăzi, singur Dumnezeu îl ştie. Între anii 1621-1622, un vestit teolog ucrainean, ieromonahul Zaharia Kopystenski din Kiev, scria despre el: "În Rădăuţi, în episcopie, Sfântul Leontie, făcătorul de minuni, zace cu trupul întreg…". La 20 Iunie 1992, Sfântul Ierarh Leontie de la Rădăuţi a fost canonizat şi trecut în rândul sfinţilor ierarhi, de Sfântul Sinod al Bisericii Ortodoxe Romane, cu zi de prăznuire la 1 Iulie.
